1971年，在黄甸镇成立“四川省盐亭肿瘤防治工作队，前卫生部副部长、中华医学会副会长曹泽毅教授任首任队长，进行肿瘤登记、全人群死因报告；
1971年，成立医院胸外科，提高肿瘤患者救治能力；
1973年，盐亭县肿瘤小分队搬迁到县招待所。盐亭成为全国首批“居民死因调查报告县”；
1975年5月，盐亭县肿瘤小分队搬迁到云溪镇肿云巷2号；
1977年，肿瘤队迁到县城云盘山下，设立了流行病学研究室、病因研究室、动物实验室等科室，初步摸清了盐亭食管癌发病规律和分布情况，探索了一些预防和治疗方法，培养了一支“不走的肿瘤防治专业队伍”；
1977年，经省卫生厅批准，肿瘤队更名为“盐亭县肿瘤防治研究所”；
1985年，成立肿瘤放疗室，增加肿瘤治疗手段和方法；
1986年，医院成立了全国第一家县级抗癌协会一中国抗癌协会盐亭分会；
1988年，经市、县批准，建立“盐亭县肿瘤医院”，实行院所合一；
1990年，全国肿瘤防办确定盐亭为“全国食管癌高发现场防治点”，同时成为全国首批“肿瘤发病登记报告县”；
1998年，盐亭被确定为国家肿瘤登记数据采集上报县；
2003年，盐亭县肿瘤医院成功创建全省县级医疗机构中唯一一个“二级甲等”肿瘤专科医院；
2005年11月，全国肿瘤登记及培训会现场会在我院召开，全国防办主任李连弟、中国医学科学院肿瘤医院院长赵平亲临现场指导；
2009年，组建涵盖普外、泌尿、妇科、肛肠、皮肤、骨科专业的综合外科；
2009年11月，四川省卫生厅厅长沈骥来院视察肿瘤防治工作；
2011年，医院新增采购钴60放射治疗机、西门子直线加速器，提升了放射治疗能力；
2012年，增挂“盐亭县第二人民医院”；通过“二级甲等肿瘤专科医院”复评；成功创建为“全国食管癌防治示范基地”；建立肿瘤生物样本库；
2012年，医院成立CT室,自筹资金采购16排螺旋CT，提升医院设备检查能力；
2013年4月，盐亭县肿瘤医院搬迁到石岭新区红石路2号；
2013年，医院成立综合内科，提高了医院综合救治能力；
2013年，食管癌防治专科通过省卫生厅评审被授予四川省甲级专科；
2015年6月，盐亭县肿瘤医院“院士(专家)工作站”被确定为绵阳市首批市级“院士（专家）工作站”，是绵阳市卫生系统中两个工作站之一，从事相关科研临床工作；
2015年12月被中国癌症基金会国家卫生计生委农村癌症早诊早治项目专家委员会授予：重大公共卫生服务项目农村癌症早诊早治项目2013-2015年度上消化道癌早诊早治项目优秀项目单位；
2016年，同国家人口健康平台·临床数据中心·北京协和医院正式签约成立“肿瘤数据共享和挖掘国际合作组，同北京协和医院签定“肿瘤转化医学专题服务以及肿瘤专题数据收集和共享协议”，同四川大学华西公共卫生学院完成“食管癌高发区筛查队列的建立及LncRNA筛查指标的初探”课题。同复旦大学泰州健康科学研究所就“上消化道人群肿瘤筛查早期生物标本研究” “人群脑动脉硬化性疾病早期识别关键技术合作研究”课题达成合作研究。同中国医学科学院签署正式合作协议，实施国家重点研发计划“重大慢性非传染性疾病防控研究”十三五专项——“消化道恶性肿瘤高危人群识别及癌变风险预测分级模型研究”课题、 “食管癌专病队列研究”十三五专项—“高发现场食管癌及其癌前病变人群前瞻性队列研究”课题；
2017年，与四川省肿瘤医院联合建立“四川省临床医学研究中心”；签约授牌成为专科联盟医院；
2017年12月被中国癌症基金会国家卫生计生委农村癌症早诊早治项目专家委员会授予：重大公共卫生服务项目农村癌症早诊早治项目2015-2017年度上消化道癌早诊早治项目优秀项目单位；
2018年1月，成功创建国家重大公共卫生服务项目农村癌症早诊早治项目上消化道癌早诊早治项目示范基地；
2019年11月被中国癌症基金会国家卫生计生委农村癌症早诊早治项目专家委员会授予：重大公共卫生服务项目农村癌症早诊早治项目2017-2019年度上消化道癌早诊早治项目优秀项目单位；
2019年，四川省肿瘤医院向医院捐赠美国瓦里安直线加速器；
2020年10月，被四川省癌症防治中心授予四川省上消化道早诊早治项目2019年度优秀项目点；
2020年，胸外科通过绵阳市卫健委评审被授予绵阳市重点专科；
2021年，西门子1.5T超导核磁共振入驻医院，进一步提升医院设备运行检查能力；
2021年，盐亭县第二人民医院能力提升项目顺利开工。
2022年，美国GE-128层CT投入使用；
2023年，医院成立视光中心，拥有手术显微镜、裂隙灯、电脑验光仪、综合验光仪等设备，提升了医院综合救治能力。
2024年，“盐亭县第二人民医院综合医疗诊治能力提升”建设项目竣工并投入使用，设置神经内科、心血管内科、消化内科等科室；住院科室由8个发展为14个；成功申报盐亭县肿瘤防治中心和盐亭县病理诊断中心；获得“2023年度肿瘤登记工作杰出贡献奖”“农村上消化道肿瘤早诊早治‘2023-2028国家示范基地’”“肿瘤登记数据五大洲发病率第十二卷贡献奖”等荣誉称号。
2025年，县委派任纪委常委为我院党委书记；成功创建胸外科县级临床重点专科；与绵阳市中医院组建专科联盟；新增临终关怀科诊疗科目。成功开展光学相干断层扫描、中医康复护理技术“揿针”；乳腺钼靶机正式投入使用；获得“四川预防医学会科学进步一等奖”“国家癌症中心‘肿瘤登记工作杰出贡献奖’”等。